序列比对，科研必备的几款软件
作为一名生物科研狗，在饱受实验折磨的同时，相信大家也都多少会受到一些生信软件的“宠爱”。比如需要做序列比对，却不知道该用什么软件，不知道怎么设参数、不懂怎么读结果。今天我们详细地给大家介绍一款必会比对程序BLAST的用法，再给大家说一说几种常用比对软件的优缺点，方便大家自己选择。
BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）可以说是短序列比对中最常用的比对工具了，它不仅支持核酸和蛋白的双序列比对，而且可以在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较，找到与查询序列相似的序列。
NCBI上的在线BLAST具有四种功能模块：Nucleotide BLAST(核酸序列比对到核酸库)、Protein BLAST（蛋白序列比对到蛋白库）、BLASTX（核酸序列比对到蛋白库）、TBLASTN（蛋白序列比对到核酸库）。
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使用方法：
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B可以选择不同的比对选项，对应于我们前面介绍的五种功能
D可以接受各种格式的查询序列，可以一个序列号（NM_000249）或者是FASTA序列
E可以限定查询序列中的某个片段，比如“from 200 to 600”就是查询200-600bp位置的序列
G可以选择进行多序列比对，并且可以更改序列输入方式
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A可以选择所要查询的数据库
B可以输入物种名称，它会显示下拉条目可以进行选择
C可以用来排除一些不想要的信息
D对于特定数据库可以进行一些搜索限制，比如输入 “biomol_mrna AND 500:1000”可以限制搜索500-1000bp长度的序列
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E可以根据需要选择不同的速度或者灵敏度
F按钮执行BLAST搜索
G可以打开一个折叠页面，可以进行更为详细的参数设置（如下图）
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H可以设定数据库中最大的匹配目标数
I允许BLAST自动优化30个碱基/残基或更短的查询设置
J是一个期望阈值的设置，可以过滤掉不太重要的匹配
K设置初始序列匹配的大小，设置越小越敏感
L限制了最大匹配数，默认设置“0”表示无限制
F和G是得分参数，对BLAST的敏感度也会有影响，不过一般情况下可以设为默认值。
比对结果：
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左边图中显示一些关于比对的信息
JobTitile默认情况下显示第一个查询的序列id,也可以提交前对其进行自定义。
RID显示分配给此搜索的唯一标识符,Downlod ALL可以将完整的搜索结果保存为所需的格式XML (XML2)、JSON和CSV
Program列出进行的搜索，在本例中为BLASTN提供参考文献
Database是搜索的数据库，可以查看详细信息
Query ID显示结果的查询序列id
右图中的可以选项参数用于过滤结果
Organism允许设置物种名
Percent Identity 允许设置同一性程度进行过滤，比如94.74% 到94.76%
E Value允许通过期望值进行过滤，比如设置0.0001 到 5e-120 (5x10-120).
Description是BLAST结果默认显示选项，可以通过旁边的按钮切换
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以上结果是默认按E值由高到低进行排序的，单击后面的每条accession号可以直接跳转到对应的核酸库或蛋白库中。
Graphics可以链接到基于图形序列的匹配显示（如下图）
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Distance tree of results可以以距离树的形式显示比对结果（如下图），如果比对的是蛋白序列的话还会有一个Multiple alignment用于系统发育分析。
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Alignments选项下包含查询序列和数据库序列之间的详细比对信息。
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BLAST功能强大，使用方便，但是也存在一些缺点，它的分析速度比较慢，比对结果现不够直观，不利于后续的处理，比对不能显示基因内含子、外显子及基因定位等等。
BLAT(The BLAST-Like Alignment Tool)也是一款常用的序列比对工具，对于DNA序列，BLAT是用来设计寻找95%及以上相似至少25个碱基的序列。对于蛋白序列，BLAT是用来设计寻找80%及以上相似至少20个氨基酸的序列。
相比于BLAST，BLAT比对更简单方便，速度更快，还可以输出更为易读的比对结果，可以很容易的找到exons 和 introns。BLAT也同样可以处理DNA，RNA和蛋白质序列的比对。线上BLAT工具在http://genome.ucsc.edu上，也可以下载这个工具的安装版，在线下做比对分析。
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BLAT也存在着一定的局限性，比如用于远亲缘物种间的核酸序列比对时，比对精度就不够高，建议使用专门为此用途开发的Blastz软件；对于少量的蛋白质比对任务(如数条或数十条)，在速度和精度上Blastp均优于Blat；另外，Blat在重复搜索短小匹配片段的同时，会产生过多的没有生物学意义的序列比对碎片，一步分析确认。
几个常用的多序列比对软件
DANMAN是一个简单常用的核酸序列分析软件，它支持多序列比对、序列同源性分析、限制性酶切位点分析、PCR引物设计、质粒绘图等多种功能，并且是非常友好的Windows界面、软件占用内存小、兼容性也比较好，DNAMAN可以说是分子生物学人的必备工具之一了。
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Clustal是基于渐进比对的多序列比对工具，有应用于多种操作系统平台的版本，包括linux版，DOS版的clustlW，clustalX等。ClustalW不仅可以用来做多序列比对,也能做Profile-profile比对,以及基于Neighbor-joining方法构建进化树，是最常用的是多序列比对。但是由于它采用一种渐进的比对方法，不能保证能够得到最优的比对，而且速度也不够快。
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Muscle是一款速度最快的比对软件之一，在速度和精度上都优于ClustalW，可以比ClustalW的速度快几个数量级,而且序列数越多速度的差别越大。
它采用迭代方法进行比对运算，每一次最优化过程就是迭代过程，通过不断地使用动态规划算法重排来纠正这种错误，同时对这些亚类群进行比较以获得所有序列地全局比对。但是Muscle地准确度降低了，并且对于内存的要求较高。
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MAFFT做多序列比对的精确度和速度都是比较高的，在使用时需要调节的参数也比较少。目前的版本提供两种比对方法，渐进方法和迭代细化方法，也包括更快地对大量序列进行比对的选项、更高精度的比对、非编码RNA序列的比对等。MAFFT也有在线版和本地版。
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以上是给大家介绍的比较常用的一些比对软件，大家想学习哪个软件可以留言，我们可以推出详细的使用教程并附上程序链接或软件包。除了上面介绍的这些，还有很多对应于不同功能的比对软件，比如用于基因组比对的比对软件、用于测序数据拼接的比对软件等。 好好顶贴，天天向上! 楼猪V5啊 顶贴不认真，大脑有问题。 不错，顶一个！
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